Sus orígenes se remontan a los primeros jesuitas en Guadalajara, en concreto en la fundación del Colegio Santo Tomás de Aquino 1591. En 1767 fue suprimida la Compañía y el colegio fue cerrado, reabriéndose en 1906 con el nombre de San José. En 1914, la Revolución Carrancista se apoderó de él y resurgió en 1920 como Instituto de Ciencias de Jalisco. En 1956 se estableció finalmente en el edificio actual. Desde hace 105 años ha sido cuna de líderes que de diversas formas han llevado el fruto de la educación jesuítica, incluso más allá de la sociedad tapatía. 

Formar, desde nuestra Fe cristiana, personas libres, con excelencia académica, abiertas al crecimiento, comprometidas con la justicia y con el servicio generoso a favor de los más necesitados. La Institución pretende formar, en quienes constituyen la Comunidad Educativa, el desarrollo integral, en todas sus dimensiones, de manera que, educados en la excelencia humana sean líderes creativos, sensibles e integrados a la sociedad, para construir un mundo fraterno.

Queremos educar desde una antropología filosófica cristiana, a la persona concreta de hoy. Libre de toda atadura que le impida crecer como tal y pueda desarrollarse con todas sus potencialidades, con autenticidad, como ser – en – el mundo y exprese en el Espíritu su propia palabra única e irrepetible como proyecto personal para el servicio de los otros.