La Unidad Educativa Javier se fundó en Guayaquil el 21 de enero de 1956. El primer período lectivo empezó el 17 de febrero del mismo año con 35 alumnos en primer año de secundaria y 17 en sexto grado. El primer rector fue el P. Alfonso Villalba, S.J., junto a los PP. Fernando Amores, S.J., y Alfonso Acosta, S.J. También estuvieron los maestrillos Francisco Espinoza, el Hno. Martín Ríos y José Araujo. Luego se compró a la Junta de Beneficencia un terreno ubicado en el km. 5 1/2 vía a la Costa, y el 8 de junio de 1957 se empezó la construcción del nuevo edificio, que hasta hoy está vigente. El 24 de noviembre de 2004, el P. Peter-Hans Kolvenbach, S.J., General de la Compañía de Jesús de la época, concedió el permiso para establecer la coeducación.

La Misión de la Unidad Educativa Javier es ”Formar hombres y mujeres líderes, de excelencia integral, inspirados en la Espiritualidad Ignaciana, desde la fe en Jesucristo, modelo de humanidad; conscientes, compasivos, competentes y comprometidos en el desarrollo sustentable local y global”.

La visión que nos mueve es “En el 2021 consolidarnos como una comunidad educativa de excelencia, generadora de espacios de aprendizajes significativos e innovadores, para contribuir al desarrollo de una sociedad más justa y equitativa”.