La Escuela Loyola fue fundada en 1946. Nació como una extensión de las obras socio- educativas de la Parroquia-Residencia de Santo Domingo. Su primer director fue el padre Atucha, quien fue sucedido por el P. Roque Iriarte,alma y motor de la obra durante 30 años. Con él, la Escuela Loyola pasó a ser Escuela Superior de Varones, hasta convertirse en Instituto Loyola. En 1971, se inauguró el nuevo edificio. En 1973 el Instituto implantó la coeducación. En 1978 tomó la dirección el P. Jesús Hergueta, a quien le tocó enfrentar la guerra interna en el país. En 1993 se convirtió en colegio privado por el retiro progresivo de la subvención estatal. 

Institución educativa sin fines de lucro al servicio del pueblo nicaragüense. un instrumento apostólico educativo al servicio del Reino de Dios en la Iglesia Católica. Una comunidad educativa que participa de la misión de la Compañía de Jesús al servicio de la fe y promoción de la justicia, para servir a la sociedad.

Formar hombres y mujeres para y con los demás,dentro de un contexto de humanismo cristiano. Personas que sean: competentes, conscientes, compasivas y solidarias. Todo esto a través de una excelencia educativa integral para mejora mar y servir.