El 30 de octubre de 1886, el padre Luis Antonio Gamero, Superior de los jesuitas de Colombia y el senador Alejandro Peña Solano, en representación del gobierno de Santander, firmaron el contrato para la fundación de un colegio de la Compañía de Jesús en Bucaramanga. El 22 de marzo de 1897, nació el Colegio. En 1903 se inició la construcción del edificio. Debido a la clausura del establecimiento por sentencia proferida por la Asamblea Departamental, se construyó en 1938 la junta pro-colegio. Con la autorización del Padre General Wladimir Ledkowski, el 12 de diciembre de 1948 se colocó la primera piedra en el barrio Sotomayor.

El Colegio San Pedro Claver brinda una formación integral y bilingüe a la niñez santandereana, mediante el acompañamiento a los estudiantes en su crecimiento como hombres y mujeres conscientes, competentes, compasivos y comprometidos en la transformación de una sociedad más justa y humana, actuando de manera coherente de acuerdo con los valores cristianos.

Ser en el 2027 un colegio bilingüe, innovador e incluyente, referente en Santander y Colombia que forme integralmente ciudadanos del mundo, comprometidos con el cuidado de sí mismos, su relación con Dios, los otros y la creación.