En 1898 el Colegio San José inició sus actividades en una casa ubicada en la Plazuela Santa Marta. En 1902 fue trasladado a la Calle Melgar, teniendo que cerrar sus puertas en 1935 por falta de personal y recursos económicos. Fue reabierto en 1948. En 1956 fue trasladado a la Avenida Alfonso Ugarte, donde sigue formando hombres para los demás hasta nuestros días. Desde 1898 el Colegio San José ha mantenido la ruta de San Ignacio. Gracias a Dios, a la Compañía de Jesús y a la bondad de los arequipeños, sigue siendo uno de los establecimientos emblemáticos de la ciudad.

Formamos personas para el servicio a los demás. Comprometido con la transformación de la realidad para contribuir a la construcción de una sociedad justa, fraterna y democrática.

En el año 2021, los estudiantes del Colegio son líderes creativos e innovadores, competentes y comprometidos con el servicio a los demás y el desarrollo sostenible de su comunidad. La comunidad educativa del Colegio está integrada y comprometida con su misión evangelizadora, en el marco de la espiritualidad ignaciana. Viene desarrollando un proyecto de educación inclusiva, bilingüe, de investigación y cultura de ecoeficiencia. Tiene una gestión de calidad reconocida y comparte sus buenas práctica con otras instituciones de la región.