En abril de 1594 la Compañía se estableció en Panamá y tomó la dirección de una escuela de primeras letras, ubicada en Panamá la Vieja, abriendo las puertas de un humilde colegio. Éste adquirió rango universitario cuando monseñor Francisco Luna colaboró para inaugurar dos cátedras (filosofía y teología). Además, logró una donación para la construcción de un edificio nuevo. Pero en enero de 1671 el pirata Henry Morgan destruyó por completo la ciudad –y con ello el Colegio–. En 1948 llegó un grupo de 7 jesuitas a organizar la reapertura del Colegio Javier, en el Casco Viejo de la ciudad. En 1975 dejó de ser exclusivo para hombres. En 2010 se mudó a Clayton, en las riberas del Canal de Panamá.

Misión: Con excelencia integral formamos hombres y mujeres al servicio de la fe y la promoción de la justicia.

Visión: Llegar a ser parte esencial del ser y quehacer de nuestros alumnos en el marco de la realidad panameña, ofreciendo espacios y actividades que faciliten una formación con excelencia integral, desde la propuesta educativa de la Compañía de Jesús.