Fundado el 1º de Octubre de 1945, teniendo por Patrono a San Luis Gonzaga y bajo la maternal protección de Nuestra Señora del Buen Consejo. El Colegio ha tenido tres sedes que corresponden a tres épocas. La primera, la fundacional, en la Av. Delicias desde 1945 a 1966, con una población únicamente de varones de la más variada condición social y con un personal docente casi exclusivamente jesuita. Segunda etapa. En 1966, se muda la Av. El Milagro a orillas del lago, aquí el personal docente laico aumenta y el Gonzaga se convierte en colegio mixto, con estudiantes pertenecientes a la clase social con mejores recursos de la ciudad. En 1075 inicia la tercera etapa, después de en un período de discernimiento y el colegio pasa a establecerse en el corazón de los Barrios San José y Cañada Honda, como opción por los pobres y el compromiso por la fe y la justicia. 

El Colegio Gonzaga es una Unidad Educativa de la Compañía de Jesús que animada por los valores del Evangelio: Justicia, fraternidad, paz y amor, e inspirada en la Espiritualidad Ignaciana busca la excelencia humana, hace opción por los más necesitados, propicia la construcción de una nueva sociedad fundamentada en el servicio a los demás, a través de la educación Primaria, Media General y Media Técnica, a niños, niñas, adolescentes y jóvenes preferentemente de las comunidades de los barrios San José, Cañada Honda y Puerto Rico de la ciudad de Maracaibo.

El Colegio Gonzaga se proyecta en la región zuliana como una institución que busca la excelencia humana, basada en los valores del Evangelio y la Espiritualidad Ignaciana, teniendo como meta la formación de mujeres y hombres comprometidos desde la perspectiva de la fe y la justicia, en la construcción de una sociedad más justa, democrática y solidaria.