Luego de cuarenta años de ser un plantel masculino, en 1999 el Gonzaga, asumió el reto de la coeducación y en julio de 2005 graduó a su primera promoción de varones y mujeres.

En el 2004, el Gonzaga se trasladó a sus propias instalaciones en La Armenia, sector Valle de Los Chillos. La vida del Gonzaga ha estado marcada por el constante crecimiento y desarrollo
de su planta física y humana, y de manera especial de lo académico y formativo. Las actividades extracurriculares y el movimiento juvenil de campamentos, CEL, han sido lo más destacado en este tiempo.

El 19 de diciembre de 2009, el Colegio Gonzaga cumplió 50 años de vida institucional, bajo el lema “50 años, construyendo familia”. En julio de 2011, acogiendo las nuevas directrices educativas del país, pasó a convertirse en Unidad Educativa. Se abrió el primero y segundo año de Educación General Básica y, con ello, amplió su misión de formar a la niñez bajo la consigna: “ser más para servir mejor”.

Desde el 2012 implementa el Sistema de Calidad en la Gestión Escolar de la Federación Latinoamericana de Colegios Jesuitas e Ignacianos lo que ha permitido modernizar y mejorar la
gestión educativa en cuatro ámbitos: pedagógico curricular, organización-estructura-recursos, clima escolar y familia-comunidad; también ha impulsado la cultura de la evaluación continua de todos los procesos.

En el 2016 el Gonzaga emprendió en conjunto con la Red de Unidades Educativas Ignacianas del Ecuador (RUEI), un proyecto de fortalecimiento institucional, la Certificación en un Sistema de Calidad, la transformación de todo el centro educativo a través del proyecto INOVACCIÓN XXI.

En la actualidad, se encuentra enmarcado en procesos de mejora continua, festejando a la par su año fundacional número 60.

Misión: Somos una comunidad educativa ignaciana, que desde los valores evangélicos, colaboramos en la formación integral de hombres y mujeres para los demás; ciudadanos:
conscientes, competentes, compasivos, comprometidos y creativos.

Visión: Soñamos en construirnos como una comunidad de aprendizaje abierta a procesos innovadores, propositiva y transformadora de nuestro entorno, que tenga por centro y horizonte la dignidad de la persona humana y el bien común.