En julio de 1882 se fundó el Colegio San Calixto en la residencia del Mariscal Andrés de Santa Cruz, hoy declarada Monumento Nacional. Alrededor del Colegio, se fueron construyendo cuatro grandes obras de carácter científico y social: el Observatorio Geofísico San Calixto, el Laboratorio de Biología, la Radio FIDES y el Centro de Estudios Multidisciplinarios y Servicios. En 1982, por la importante labor educativa que desempeñó la institución en el devenir histórico del país, fue reconocida con la condecoración del Cóndor de los Andes. En el ámbito académico, respondiendo a los desafíos educativos del siglo XXI, desde 1998 fue implementado el Sistema Modular, como un proyecto de innovación educativa. 

Formar integralmente a los estudiantes a luz de una concepción cristiana de la persona y de la sociedad y a través de una comunidad educativa que viva los valores de justicia.

Ser en el futuro un sujeto apostólico que viva las prioridades de la educación de la Compañía de Jesús, en el marco de la pedagogía ignaciana, construyendo relaciones justas y equitativas en la sociedad boliviana.