El Colegio “Rafael Borja” se funda en Cuenca el 12 de octubre de 1937, gracias a los bienes donados por la Sra. Rosa Malo, viuda del ilustre varón cuencano Rafael Borja. La primera sede se ubica en los predios del actual hotel “El Dorado”. Dos años después, el Colegio se trasladó a un local más cómodo, el edificio contiguo a la nueva Catedral de Cuenca. En 1956 –Cincuentenario del Milagro de la Dolorosa- el Colegio inauguró su tercera sede en Pumapungo. Por su parte el “Pensionado “San Francisco de Borja” se fundó en 1946 y ocupó el local que fue inicialmente sede del Colegio y en 1959 se trasladó a la edificación junto al templo de “El Cenáculo”, parroquia confiada a los jesuitas. Por la importancia arqueológica de Pupampungo, el Banco Central del Ecuador adquirió la edificación y los terrenos, por lo que la Compañía de Jesús construye en los predios de la quinta “Santa Rosa”.

Somos una Institución Educativa de la Compañía de Jesús, inspirada en la identidad ignaciana, que acompaña en la formación integral de seres humanos con excelencia, para liderar la transformación de la sociedad con un alto compromiso de fe y justicia.

Ser una comunidad educativa ignaciana acorde a las vanguardias de la educación nacional e internacional.