Los inicios del Colegio Cristo Rey se remontan a febrero de 1938, cuando se pasó a acomodar la casa primitiva de los jesuitas. Y el 14 del siguiente mes se realizó el acto de apertura, funcionando ese año sólo los tres primeros grados. La década del ´60 se caracterizó por el crecimiento en infraestructura y número de alumnos. La del ´70, destacó por la incorporación de mujeres y el impulso a clubes de fotografía, teatro, música, así como por la intervención sufrida por el gobierno del dictador Stroessner. En la década del ´80 se crearon los diversos estamentos de la Comunidad Educativa y egresaron las primeras mujeres. Ya en los ´90 se creó el Centro de Niños y Jóvenes Especiales y se incorporaron laicos en la conducción principal del Colegio. 

Evangelizar a través de la educación y la cultura, promoviendo la espiritualidad ignaciana, el crecimiento en valores y la transformación social basada en la justicia que nace de la fe, a través de actividades que puedan ser desarrolladas en aula o fuera de ella.

El colegio Cristo Rey, de la Compañía de Jesús, es reconocido como un centro de formación integral donde las personas viven su fe desde la espiritualidad ignaciana, con un auténtico compromiso de transformación de la sociedad, respondiendo a los desafíos de los signos de los tiempos y teniendo como base la justicia social.