Foi fundado por Padres e irmãos jesuítas italianos a partir do dia 12 de abril de 1886. Foi fundado como Internato para alunos de todo o Brasil (1ª fase). O Anchieta logo se tornou famoso em todo Brasil pela excelente educação que oferecia. Os professores eram todos padres jesuítas, mas em 1922, com a diminuição dos padres vindos da Itália, foi preciso acabar com o internato e transformar o Anchieta em Seminário, para a formação de jesuítas (2ª fase). A terceira fase começou em 1966, quando diversas classes seminarísticas se transferiram para outras cidades. Nesta terceira fase, o Anchieta se transformou em Externato, recebendo alunos não só de Nova Friburgo, mas também das cidades vizinhas. Em 1969, o Anchieta passou a receber alunas, transformando-se em colégio misto. 

Desarrollar actividades con toda la comunidad escolar en relación con la educación de calidad y la excelencia académica de esa manera por la vida, se tradujo en una formación integral y la integración de todas las actividades de desarrollo humano, con el objetivo de ser la persona a los demás.

O Colégio Anchieta e um instrumento de apostolado, com acento próprio das características inacianas e de suas opções, preocupado com a formação de pessoas, para que se incorporem à missão humanizadora e evangelizadora da Igreja, como cristãos comprometidos com a transformação da sociedade.